第4話「天空の我夢」
町を分子レベルで崩壊させたメザードに、立ち向かう。それを見遣る、謎の男。あの青い巨人と、関わりがあるのか？
ストーリーダイジェスト
第5話「もう一人の巨人」
青い巨人が、ついに正体を見せた。それは、かつて我夢の目の前でアルケミー・スターズを抜けた、藤宮博也であった。藤宮は吐き捨てるように語る。「地球にとって人類とは、ガン細胞だよ」
第16話「アグル誕生」
プロノーン・カラモスに現れたアルギュロスは、アグルに挑戦してきた。アグルは、自らの聖地を守るために戦う。
第18話「アグル対ガイア」
エリアル・ベースを落とそうとしたアグルに、ガイアはついに直接対決を決意。
第25話「明日なき対決」
2大ウルトラマンが巨大な姿での決戦を開始し、その時に生まれた大きなエネルギーがワームホールを生成、その中から破滅招来体の切り札、ゾーリムが迫ってくることになってしまう。
第26話「決着の日」
「俺も行く」ことの重大さに、司令官たる石室が初めて現場に赴いた。石室は、2大ウルトラマンの激突を望んだものがいたことを喝破していた。
第27話「新たなる戦い（ヴァージョンアップ・ファイト！）」
エリアル・ベースに侵入したコンピュータウイルス、クリシス・ゴーストが、新たな金属生命体になった。内なる敵と戦う我夢は、新しい姿のガイアに変身。
第36話「再会の空」
稲森の姿を借りた破滅招来体の誘惑を振り切った藤宮は、死に場所を求めるかのようにワームホールへ迫る。しかし、そのワームホールから、宇宙忍獣が現れた。
第41話「アグル復活」
“戦う誇り”に気付いた藤宮は、我夢を救うために力を欲する。迷いを捨てた藤宮に、海が語りかける。アグルにも、ヴァージョン・アップの時がやってきた。
第43話「銀色の眼のイザク」
悲劇の怪獣イザクを、我夢は殺さなければならなかった。そんな我夢に対する藤宮の言葉は、以前とは違う。
第51話「地球はウルトラマンの星」
ファイターチームが、整備班が、我夢と藤宮が、そして地球の怪獣が。地球に住む全ての者が心を１つにする時、ウルトラマンは甦る。破滅招来体の邪悪な意思は、達せられることは決してない。